হাটহাজারী ডাকবাংলোর মাঠে জুনায়েদ বাবুনগরীর জানাজা অনুষ্ঠিত হওয়ার পর ছাত্রদের দাবির মুখে তার দাফন সম্পন্ন হয়েছে আল্লামা শফীর কবরের পাশেই। হাটহাজারী মাদরাসা হিসেবে পরিচিত আল-জামিয়াতুল আহলিয়া দারুল উলুম মুঈনুল ইসলামের কবরস্থানে তার দাফন সম্পন্ন হয়েছে।
এর আগে বেশ কয়েকবার সিদ্ধান্ত পরিবর্তন করে হাটহাজারী এবং তার গ্রামের বাড়ি বাবুনগরে তার দাফনের কথা জানানো হয়েছিল। তবে সাবেক এই হেফাজত আমিরের ছাত্রদের দাবির মুখে হাটহাজারীতে, তার কর্মস্থলেই দাফন সম্পন্ন হলো।
বৃহস্পতিবার সকাল ১১টায় জুনায়েদ বাবুনগরীকে চিকিৎসার জন্য অ্যাম্বুলেন্স ডেকে চট্টগ্রামের একটি বেসরকারি হাসপাতালে নেয়া হলে সেখানে তার মৃত্যু হয়। তিনি দীর্ঘদিন ধরে কিডনির সমস্যা ও ডায়াবেটিসসহ নানা শারীরিক জটিলতায় ভুগছিলেন।